产品特性
由于众多独特的优势，Mascot已经成为目前该领域研究应用的行业标准:
◆ 通过一个整合的软件包，同时支持目前主流的三种检索算法。
◆ 通过特有的基于↘实概率的打分方法，支持标准统计显著性检验分析。
◆ 可用于检索任何FASTA数据库，包括蛋白质数据库、EST数据库以及基因组数据库。
◆ 无须耗时即可建立检索目录，无论是否基于酶的特异性，对于特异性的化学修饰或翻译后修饰的鉴定均非常灵活。
◆ 支持几乎所有常用的质谱仪输出∑ 的数据格式。
◆ 通过高效率的代码可满足从单线程到多线程系统或集群的高通量计算需求。
◆ 通过界面友好的客户端支持自动提交检索任务☉▼，无须用户编程。
◆ 支持◣所有的Web浏览器，提交概述性以及详细的结果报告，并且配以详尽的在线帮助∴文档，以帮助用户理解分析结果。
◆ 目前已拥有一千多个学术及商业用户，被Frost & Sullivan誉为“质谱数据检索的黄金标准”。
◆ 由独立运√营，充满活力的Matrix Science公司研发，该公司一直致力于开发最先进的生物信息※学软件。
通过一个整合的软件包，同时支持目前主流的三种检索算法
在众多蛋白质组☆学研究方法中，经典的分析■方法是利用2D凝胶电泳将样本中的蛋白质分离，然后在→一种细胞溶菌液缓冲溶剂中观察。每个斑点都表示样本中的一种或几种蛋白质。随后，这些分离出的蛋■白质会被胰蛋白酶酶切水解。这些从一个蛋白质斑点分离得到的酶切后的混合物将用于质谱分析，通过〗肽质量指纹图谱(peptide mass fingerprint)检索，继而对这些多肽片段进行鉴定。然而这种快速且灵敏的◎实验手段，也可能会因为被酶切后的蛋白质混合物太过复◥杂而宣告失败。
对于蛋︾白质混合物，以及针对需要更〗加彻底分离的样本，可以采用高效液相色谱HPLC与质谱/质谱（MS/MS）联用的方法。被分离的◤蛋白质通过筛选后，以片段的形态进入质谱/质谱分析仪。通过Mascot提供的质谱█/质◣谱离子检索方法，可以找到每个最佳匹配的肽段，然后将这些匹配肽段结合起来找№到最佳匹配的蛋ㄨ白质。Mascot的这种检索技术甚至可用于最复杂的蛋白质混合←物样本，例如没有通过凝胶电泳〇分离的细胞溶浆等。
Mascot支持的第三种检索方法是一种序列检索算法，这种算法功能强大且非常灵活，可组合分→子及片段质荷值、氨基酸序列信息以及混合物成分等信息进行综合分析。
特有的¤基于实概率的打分算法，支持标准统计显著性检验分析
Mascot计算在一次随机事件中实验数据与候选多肽或蛋白质计算所得到的质量数值之间匹配概♀率。正确的匹配，即非随机◥事件，则具有很低的概率值。
基于实概率的打分方法是识别♀和避免假♀阳性出现的关键，同时也是实现自动化分析的重要前提。只有通过建立一定的打分尺度和规则，简单基于规则的软件系统才能判读每个㊣鉴定结果是否可靠。
如图，由Mascot打分得到前50个最佳蛋白质的柱∮状图，展示了肽质量指纹图谱顶端的数值。其计№分公式为-10*log(P), 其中P是一个㊣概率值，表示可观察到的匹配的随机性。如果分值落在绿色阴⊙影区，表示是随机匹╱配，而正←确匹配的分值应为117。这个被认为是正确匹配的结果其假阳性的概率』是3/106。
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