CHARMm:(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics) 是一个被广泛承认并应用的分子动力学模拟程序,用于生物大分子□ 的模拟,包括能量最小化,分子动力学和蒙特卡罗模拟等。与Accelrys公司Quanta所含的CHARMm老版本不同,这一版本还包含了很多新的功能。 CHARMm包含具有专家特点的标准最小化和分子动力学方法,包括正则模式计算、相关性分析、量子力学与分子力学相结合的方法等。 程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMm力场,可以为用户提供处理各种小分子、大分子(包括蛋白▲质、核酸和糖)的经验化能量计算,包括:相互作用能及构↓象能量、局域最小化、旋转势垒、与时间相关的动力学行为、振动频率等。 模拟过程提供了有关分子结构、相互作用、能量等信息。 |
操作平台:Linux |