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GOLD是一个计算大分子与小分子结合模式的分子对接程序 ,是Sheffield大学,GlaxoSmithKline 公司和CCDC协♀作的产物。GOLD因其准确性和可靠性在分子模拟圈内评价很高。
GOLD 特征:
采用遗传算法(GA)进行蛋白-配体对接;对接时配体完全柔性和蛋白部分柔性;能量函数部分依赖于来自CSD数据库的构象和非键接触;打分(scoring)函数有GoldScore, ChemScore和用户自己定义的打分函数;多种限制选项;对接结果后处理工具:SILVER;自动考虑活性¤口袋内结合的水分子;改进的处理金属配位结构方法;对卐特别的配体自动衍生GA设置。
GOLD的遗传算法最适合虚拟筛选和并▓行计算。目前发布的GOLD版本可在商业的※PC GRID系统〖上使用。